大致來說，分公司的注冊流程和注冊公司的流程相同。在資金方面，由于分公司由總公司申請設立，不涉及注入注冊資本這一環節。所以分公司的經營資金由總公司供給，并以總公司的資產對分公司的債務承擔法律責任。
其次，分公司在進行財務核算的時候，同一地區分公司成立后，會計核算方式一般由稅務機關核定為非獨立核算，不具備開局發票資格。外地公司分公司，可向稅務部門申請獨立核算或非獨立核算，并可申請增值稅資格。
除此之外，分公司不獨立承擔民事責任，由總公司承擔，并且沒有自己的章程，沒有董事會等形式的公司經營決策和業務執行機關。
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